Sebelum berbentuk menjadi Rumah Sakit Umum Tipe C yang dikenal dengan nama RSI Nyai Ageng Pinatih Gresik seperti saat ini, tentunya ada sejarah panjang yang menyertai perjalanan berdirinya rumah sakit tersebut. Dulu tepatnya pada awal tahun 1966 di Kabupaten Gresik bertepatan dengan pemberantasan PKI yang dilakukan oleh masa NU, PMII, KAPI, KAMI, dan GP ANSOR pada masa itulah tercetus ide dari pengurus lembaga Mabarot NU, PMII, dan pengurus Muslimat NU cabang Gresik yang dipimpin oleh Bapak Abdul Gofur Sofwan sebagai ketua pelaksana perencanaan pembangunan yang berkeinginan mendirikan Balai Pengobatan Islam. Pada saat itu memang diperlukan balai pengobatan karena tempat-tempat kesehatan yang lain sangat langka. Oleh karena itu dikumpulkanlah tenaga-tenaga yang merintis baik tempat balai pengobatan maupun pembangunannya. Alhamdulillah keinginan tersebut dapat terealisasi tepat pada tanggal 1 Juni 1966, dimana Yayasan Kesehatan Islam Gresik didirikan dengan akta Nonatis Goesti Djohan (Notaris Surabaya), kemudian pada tanggal 4 Juni 1966 dibangunlah sebuah Balai Pengobatan Islam (BAPI) yang berlokasi di sebuah rumah di Jalan Pahlawan Nomor 55 Gresik dimana rumah tersebut adalah pinjaman dari Bapak H. Ridwan. Pembangunan lokasi praktik dihiasi dengan papan jati sebesar 3 ruangan praktik atas sumbangan dari seorang Tiong Hoa (Tjwan atau Tokolali Sri Wijaya).

Saat pertama kali BAPI dibuka untuk umum tepatnya pada 1 Juli 1967 yang dipimpin oleh dr. Abdul Mukti dari Surabaya dan hal itu disambut gembira oleh warga NU di Gresik, setiap harinya BAPI menerima tidak kurang dari 100 pasien dan hal itu berjalan dalam kurun waktu 1 tahun. Oleh karena banyaknya pasien maka kegiatan praktik kemudian ditambah dengan adanya Balai Kesehatan Ibu dan Anak (BKIA) pada tahun 1968. Setiap hari dilakukan dengan 2 kamar praktik dan 2 dokter dari Airlangga sedang BKIA dan persalinan dipimpin oleh seorang Bidan dari RS Umum Bunder.

Pada periode 1 tahun kemudian tepatnya di tahun 1969 rumah H. Ridwan diminta dan akan dijual pada waktu itu dengan kesepakatan pengurus akan diberi uang Rp7.000,00. Masa pemindahan dari Jl. Pahlawan ke Trate Gresik

Selama beberapa tahun beroperasi dan akhirnya pindah tempat, BAPI berganti nama menjadi RSIA Nyai Ageng Pinatih dibawah naungan YKIG (Yayasan Kesehatan Islam Gresik). Pada tanggal 9 Mei 1978 SK Bupati Gresik Nomor: EK.04/ph/0.6.140 tentang izin mendirikan Rumah Sakit Bersalin Nyai Ageng Pinatih Gresik dikeluarkan, lalu 3 tahun setelahnya disusul keluarnya surat izin dari Gubernur Jawa Timur tahun 1981 dengan Nomor: 445/8120/023/1981.

Pada tahun 2011 RSIA Nyai Ageng Pinatih mengajukan surat permohonan untuk rekomendasi penetapan kelas dan setelah menunggu selama 3 tahun akhirnya SK Menkes penetapan kelas RSIA Nyai Ageng Pinatih keluar pada tanggal 30 September 2014, dengan Nomor: HK.02.03/1/3003/2014.

Dari awal berdirinya rumah sakit ini telah mengalami beberapa pergantian kepemimpinan sebanyak 7 kali yaitu:

1. dr. Merdiastuti
2. dr. Kus
3. dr. Ziadatur Rohma
4. dr. Ainul Yaqin
5. drg. Achmad Zayadi
6. Dr. drg. Sri Agustina Ariandani, M.Kes
7. dr. Abdul Rokhim, MARS., FISQua

Adapun susunan pejabat direksi saat ini adalah dr. Abdul Rokhim, MARS., FISQua sebagai direktur dan drg. Achmad Zayadi sebagai wakil direktur.

Jika dipandang dari sisi geografis, RSI Nyai Ageng Pinatih Gresik ini berada di lokasi yang sangat strategis tepatnya di Jl. KH. Abdul Karim 76-78 Gresik yang terletak di tengah kota dengan padat penduduk sehingga mudah dijangkau dan dikenal oleh masyarakat.